肛瘘手术后伤口愈合会经历炎症期、肉芽生长期、上皮移行期，使伤口由肉芽组织填充，伤口的上皮细胞向中间移动，覆盖创面，创面完全愈合，局部的炎症症状也消失。

肛瘘手术后创口愈合，仍需注意便后及睡前用温水清洗肛门，或坐浴，以保持肛门的清洁；保持大便通畅，晨起时宜空腹喝蜂蜜水，宜食粗纤维食物以加强蠕动促进排便；防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激；饮食营养清淡，避免辛燥油腻的食物，戒掉烟酒、饮浓茶的习惯；定期到肛肠外科诊察。