口腔内壁软肉疙瘩的治疗方法应根据具体原因而定。对于生理性因素，通常无需治疗，对于创伤、机械刺激、病毒感染等引起的病变，可通过保持口腔卫生、局部药物治疗、手术切除等方法进行治疗。
1、生理性因素：如腭隆突等正常生理结构，触碰时无明显不适，不影响口腔功能。通常无需治疗，可定期观察，注意保持口腔卫生。
2、创伤所致局部溃疡：多见于咀嚼时牙齿对邻近口腔黏膜的损伤或食物过热导致黏膜损伤，继发炎症。保持口腔清洁，避免感染。遵医嘱局部药物治疗，促进愈合。如创面较大，可在医生指导下口服消炎药。
3、机械刺激所致黏膜损伤、增生：多见于牙齿残根、阻生智齿对邻近口腔黏膜的慢性刺激所致损伤，逐渐继发黏膜增生。拔除局部残缺齿或智齿，或对残齿进行修复，以去除刺激因素。切除增生的黏膜组织，防止病变进展。
4、病毒感染：如口腔疱疹，属于病毒性感染，多发生于机体免疫力低下时，如劳累后。病变局部可见小泡，形成不久后会破溃形成溃疡。清淡饮食，避免辛辣刺激性食物。在医生指导下使用抗病毒药物进行治疗。
5、口腔黏液腺囊肿：为口腔黏液腺开口发炎所致开口堵塞，继发黏液产生后无法排出而形成的囊肿。手术切除囊肿，属于小手术，可在口腔科门诊完成。切除后注意口腔卫生，避免感染。定期复查，防止复发。
在处理口腔内壁的软肉疙瘩时，应避免自行挑破或挤压，以免引起感染或加重病情。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医并遵循医生的建议进行治疗。保持良好的生活习惯和饮食习惯对于预防口腔疾病的发生也具有重要意义。