支原体并非病毒，而是一种介于细菌和病毒之间的微生物，对肺部的影响是多方面的，且可能随着感染的严重程度和持续时间而逐渐加深。
1、初期影响：当支原体侵入肺部时，会引发一系列的免疫反应，导致肺部组织发炎。这种炎症会使患者出现咳嗽、咳痰、胸痛等不适症状，并可能影响肺部的正常功能，如气体交换等。支原体感染肺部后附着于呼吸道细胞表面，在大量增殖期间可激发机体的免疫反应，使患者出现发热，多数表现为高热。同时，支原体对咽喉黏膜的刺激也可能导致咽喉疼痛。
2、中期影响：支原体在体内复制活动期具有传染性，严重情况下不仅会引起一般的肺部炎症反应，还可能进一步导致肺部免疫损伤，使得肺炎的症状更加严重。由于炎症和免疫损伤的存在，肺部的正常结构可能受到破坏，进而影响其正常的生理功能。患者可能出现咳嗽、咳痰、胸闷等症状，严重者甚至会出现呼吸困难的情况。
3、长期影响：肺间质纤维化是长期慢性肺泡炎的结果，主要是因为免疫系统的异常响应和修复过程中的错误调控。此疾病可导致肺组织结构受损、肺动脉高压等，进一步影响气体交换，严重时可导致呼吸衰竭。
如果疾病没有得到有效控制，支原体感染还可能累及其他系统。循环系统可能受累，出现心脏内血栓、动静脉血栓和心肌炎等疾病，血液系统也可能受累，并发溶血性贫血和免疫性血小板减少症等疾病。患者在患病期间，食欲和精神状态都可能受到影响，而且病情严重时会累及人体多系统的正常功能，容易导致免疫力降低。