基孔肯雅热通常以突发高热为首发症状，但极少数病例可能因个体差异或病毒亚型不同，出现关节痛先于发热的情况，不过此类案例极为罕见且缺乏系统性研究支持。
基孔肯雅热的典型病程遵循发热-关节痛-皮疹的顺序，病毒经蚊虫叮咬侵入人体后，在血液中迅速繁殖并触发全身性免疫反应，导致体温调节中枢紊乱，通常在感染后2-12天出现突发高热，体温可达39℃以上，持续2-7天。发热后1-3天内，病毒通过血液循环侵犯关节滑膜组织，引发剧烈疼痛，常见于手腕、脚踝等小关节，疼痛呈对称性且活动时加重，部分患者可因关节肿胀丧失功能。
极少数非典型病例的病程可能存在变异，例如在疫情中，某患者发病初期仅感手腕轻微酸痛，未伴随发热，24小时后体温骤升至40.1℃。这种关节痛先于发热的现象可能与部分机制相关，如病毒亚型差异导致致病性改变，患者免疫系统对病毒抗原的应答延迟，局部关节组织对病毒敏感性高于中枢神经系统。
关节痛与发热的关联性受病毒传播途径影响，基孔肯雅病毒通过蚊虫叮咬进入皮下组织后，首先在局部淋巴结繁殖，随后进入血液循环引发病毒血症。若病毒直接侵犯关节组织的速度快于引发全身性免疫反应，理论上可能导致关节症状早于发热。但多数研究显示，病毒血症期的病毒载量是关节痛严重程度的关键预测指标，提示发热与关节痛存在时间上的紧密关联。
对于疑似病例，需结合流行病学史与实验室检测综合判断。近期有蚊媒活跃地区旅行史者，若出现不明原因关节痛，即使未发热，也应进行基孔肯雅病毒核酸检测或IgM抗体检测。临床尚无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，包括使用对乙酰氨基酚退热镇痛、局部冷敷缓解关节肿胀等。