临床不存在金匮肾气丸最佳搭配的说法，需要根据患者临床表现及疾病情况，在医生指导下使用可以搭配的药物联合发挥药效，避免自行盲目搭配和使用药物。
金匮肾气丸主要成分为地黄、山药、山茱萸(酒炙)、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子(炙)、牛膝(去头)、车前子(盐炙)，为黑褐色的水蜜丸。
金匮肾气丸具有温补肾阳、化气行水的作用，用于肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等病症。如果患者存在上述病症，可以在医生指导下服用金匮肾气丸。
在临床中，如果需要更加滋补脾肾、散寒行气，可以遵医嘱用金匮肾气丸搭配附子理中丸。附子理中丸由附子、党参、白术、干姜、甘草组成，具有温中健脾的功效，治疗脾胃虚寒、脘腹冷痛等病症。
如果需要治疗肾阳亏虚导致的遗精，金匮肾气丸可以和金锁固精丸一起搭配。金锁固精丸由芡实、莲须、沙苑子、龙骨等组成，具有固精涩精的功效，治疗肾虚不固、遗精滑泄等病症。
个别患者罕见服药后出现胃烧灼感、恶心、呕吐等症状，此外孕妇、对药物组分过敏者禁止使用。同时忌房事、气恼，忌食生冷食物，以免影响药物疗效。