红曲纳豆激酶可能是指红曲和纳豆激酶，也可能是指纳豆红曲这一保健品中，所含有的纳豆激酶。但不论是哪一种，在遵医嘱食用时，可能没有较明显的副作用。如果自行使用，可能会引起胃肠不适、增加出血风险、导致过敏等。其禁忌主要体现在服用人群方面。
一、副作用
1、引起胃肠不适：红曲是一种中药材，是粳米做成的发酵物质，性温、味甘，归肝、大肠经，具有活血化瘀、健脾消食等功效。如果在医生的指导下食用红曲或纳豆激酶，由于食用量和方法比较准确，所以对身体造成的伤害较小，一般不会产生较明显的不适。但如果自行服用，可能会因为服用量过大或服用错误，刺激胃肠黏膜，加重肠道负担，出现腹痛、呕吐等症状；
2、增加出血风险：由于纳豆激酶具有抗凝血的功效，如果服用过多，或者是本身存在出血现象患者服用，则会因为机体自身的凝血功能减弱，导致出血加重；
3、导致过敏：部分人群进食红曲或纳豆激酶后，可能会因为本身对酶类物质或粳米过敏，从而出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏症状。
二、禁忌
如果自身对红曲或纳豆激酶过敏，则不能服用这两种物质。否则会因为接触过敏原，出现不适。此外，如果是阴虚或无积滞的人群，也不能服用红曲，否则会因为胃肠功能加强，出现腹泻的情况，还可能加重阴虚的病证。
由于纳豆红曲是保健品，不具有等同于药物的作用，所以建议不要自行过度进食。此外，即使需要服用红曲或纳豆激酶这两种药物，也应根据病情使用。