莫西沙星其禁忌包括18岁以下患者禁用、妊娠和哺乳期妇女禁用、严重肝功能损伤患者禁用、对莫西沙星或喹诺酮类药物过敏者禁用、有喹诺酮类药物治疗相关肌腱疾病/病症病史的患者禁用，但在某些特殊情况下，也可以在医生的指导下使用该药品。
1、18岁以下患者禁用
莫西沙星在未成年人群中的安全性和有效性尚未得到充分研究，由于未成年人的生理特点和药物代谢与成年人有所不同，使用莫西沙星可能产生不可预测的风险。因此为了保护未成年人的健康，应禁用莫西沙星；
2、妊娠和哺乳期妇女禁用
莫西沙星在妊娠和哺乳期间的安全性尚未得到充分研究，考虑到药物可能通过胎盘或母乳传递给胎儿或婴儿，对其产生潜在的不良影响，因此妊娠和哺乳期妇女应避免使用莫西沙星；
3、严重肝功能损伤患者禁用
肝脏是药物代谢的主要器官，对于肝功能损伤的患者，特别是Child Pugh C级或转氨酶升高大于5倍正常值上限的患者，其肝脏代谢药物的能力显著降低。使用莫西沙星可能增加药物在体内的积累，导致药物中毒或其他不良反应，因此这类患者应禁用莫西沙星；
4、对莫西沙星或喹诺酮类药物过敏者禁用
如果患者对莫西沙星或其他喹诺酮类药物过敏，使用药物可能导致严重的过敏反应，如呼吸困难、皮疹、甚至过敏性休克。因此为了患者的安全，须避免使用；
5、有喹诺酮类药物治疗相关肌腱疾病/病症病史的患者禁用
对于已经有过喹诺酮类药物治疗相关肌腱问题病史的患者，再次使用莫西沙星可能增加肌腱疾病复发的风险，因此这类患者应禁用莫西沙星。
既往发生过有症状的心律失常患者、电解质紊乱的患者，均应慎用莫西沙星。在使用该药物时，也要注意观察自身是否出现皮疹、恶心、呕吐等不良反应。若出现上述不良反应，应及时停药并告知医生。