心肾不交主要与肾阴虚相关，但也可能在疾病发展过程中累及肾阳，不能简单归于单一证型。中医认为，正常情况下心火下降温煦肾水，肾水上济制约心火（心肾间生理平衡，心火肾水互济互制），形成水火既济的平衡状态。当肾阴虚时，肾水无法上济于心，就会导致心火亢盛，打破心肾平衡，引发心肾不交；不过长期肾阴虚若未得到纠正，也可能出现阴损及阳，累及肾阳。
肾阴虚是引发心肾不交的关键。肾藏精，为水火之宅（肾藏水火，为水火本源），肾阴充足时才能上滋心阴，制约心火。若因久病伤肾、房劳过度、情志失调等损耗肾阴，肾水匮乏不能上承，心火就会相对亢盛。这类患者常表现为心烦失眠、多梦、潮热盗汗、腰膝酸软、咽干口燥等症状，舌尖红、少苔，脉细数。
在病情发展过程中，肾阴虚有可能进一步累及肾阳。中医讲究阴阳互根互用，肾阴长期亏虚，会逐渐损耗肾阳，出现阴阳两虚的情况。此时除了肾阴虚症状外，还会出现畏寒肢冷、夜尿频多等肾阳虚表现，形成复杂的心肾不交兼阴阳两虚证型。
此外，心肾不交虽以肾阴虚为本，但也与心火旺密切相关。情志过极、气郁化火等导致心火独亢（心火过旺无肾水制约），反过来灼伤肾阴，也会加重心肾不交。治疗心肾不交时，多以滋肾阴、降心火为主，恢复心肾之间水火既济（心肾协调，心火肾水互济，维持生理平衡）的关系。若出现阴阳两虚，则需在滋阴的基础上适当温补肾阳，调和阴阳，使心肾功能重归平衡。