舌头底下长小肉芽可能有多种原因，如正常生理结构、饮食不当、口腔疱疹等，需要明确具体原因后选择合适的治疗方法，如使用药物或者手术治疗。
1、正常生理结构：舌头下面并不是绝对光滑的，而是存在一定的褶皱和小肉芽，这是正常的生理结构，称为舌下乳头组织或舌下肉阜，不必担心。每个人的舌下乳头组织数量和大小可能有所不同，有些人可能会多一些或大一些，有些人则少一些或小一些，均无需进行特殊的处理。
2、饮食不当：长期吃辛辣或油炸食物可能导致口腔上火，口腔黏膜组织形态改变，出现舌头下长肉芽。保持清淡饮食，一段时间后肉芽可能自行消退。
3、口腔疱疹：感染单纯疱疹病毒后，可能出现口腔疱疹，导致舌头下面出现上皮增生，形成小肉芽。患者应在医生指导下使用抗病毒药物进行治疗。
4、舌下腺囊肿：由于舌头下的导管堵塞，影响唾液的正常分泌，从而形成囊肿，表现为舌头下面长小肉芽。质地通常比较柔软，患者需要通过手术对囊肿进行切除治疗。
5、舌下息肉：由于上皮组织生长增殖异常引起的，当细胞出现异常生长后就会生成乳头状的突起物。一旦确诊舌下息肉，应及时就医，通过手术方式切除息肉。
6、舌乳头状瘤：可能是由病毒感染引起的良性肿瘤，也可能导致舌头下面长小肉芽。需要通过手术进行治疗，并进行病理检验以明确诊断。
还可能是口腔尖锐湿疣，主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病，可能在口腔内形成小肉芽。患者可能需要进行冷冻治疗或遵医嘱使用抗病毒药物。
平时注意保持口腔卫生，勤刷牙，使用牙线清洁牙缝，定期到牙医处进行洁牙，饮食上注意清淡营养，避免辛辣、油炸等刺激性食物，多吃蔬果以补充维生素，保持良好的作息和生活习惯，提高身体抵抗力。