生蚝的可食用部分主要是其软体组织，而不可食用部分包括外壳、内脏团和消化系统残留物。生蚝的外壳由坚硬的钙质组成，完全不可食用，且可能附着海洋污染物和致病菌。内脏团位于生蚝身体中央的深色部分，其中可能蓄积重金属、海洋毒素和未完全消化的藻类残留，建议去除后食用。生蚝边缘的鳃部虽然不含毒素，但质地粗糙且易附着杂质，食用前应仔细清洗。此外，生蚝闭合肌（俗称"瑶柱"）与外壳连接的部位可能残留碎壳，需注意剔除以防划伤口腔。
- 另一个需要注意的是生蚝的新鲜度。生蚝必须保持绝对新鲜才能安全食用，任何变质迹象如异味、软烂或颜色异常都应该引起注意。生蚝如果存放时间过长或保存条件不佳，可能会滋生细菌和病毒，尤其是副溶血性弧菌等病原体，这对人体健康构成威胁。因此，在购买生蚝时应选择信誉良好的商家，并确保生蚝是在严格控制的环境下养殖和运输的。
- 另外，对于某些地区捕捞的生蚝，特别是来自污染水域的生蚝，可能存在重金属超标的风险，例如汞、镉等重金属污染，长期摄入这些有害物质会对人体造成损害。因此，在享受生蚝美味的同时，了解生蚝来源地的水质状况是非常重要的。
最后，值得注意的是，尽管生蚝美味可口，但由于其性质偏寒凉，脾胃虚寒的人群应当谨慎食用，以免引起肠胃不适。同时，过敏体质者在尝试生蚝前最好先进行小量试吃，以确认是否对该食物过敏。
吃生蚝的好处
1、补充营养：生蚝富含优质蛋白、维生素A、B族维生素以及矿物质如锌、铁、硒等。其中锌含量尤其突出，每100克生蚝中含有的锌量可以满足成人每日需求的数倍之多，有助于维持正常的生理功能。
2、补充水分：作为一种海鲜，生蚝含有较高的水分比例，约为80%左右，适量食用可以帮助补充身体所需水分，尤其是在炎热季节里，有助于防止脱水现象的发生。
3、开胃消食：生蚝特有的鲜美味道能够刺激味蕾，增进食欲。同时，它所含有的酶类有助于促进消化液分泌。