并没有低聚果糖的三大危害这种说法，适当食用低聚果糖对人体有益。但最好在专业人士指导下食用，以免引起龋齿、导致肥胖、影响胃肠功能，导致营养摄入不足，还可能产生依赖。
1、引起龋齿
低聚果糖属于寡糖，经常作为一种甜味剂出现在饮料、保健类食品中。其含有糖分，食用过多可能会引起龋齿；
2、肥胖
长期食用可能会导致热量摄入过多，转化为脂肪堆积在身体内，引起肥胖；
3、影响胃肠功能
低聚果糖在肠道中不易被消化酶分解，而是被胃肠道中的细菌吸收，食用可能会抑制胃肠道中有益菌的繁殖，降低胃肠道功能，导致消化不良、腹泻、腹胀等症状；
4、营养摄入不足
长期食用低聚果糖容易导致膳食不平衡，从而营养要素不足，包括营养不良、维生素缺乏症等，影响身体健康；
5、产生依赖
由于低聚果糖可以刺激肠道中有益菌群的生长繁殖，加快肠胃蠕动，对于缓解便秘有一定帮助。患者长期食用可能会对低聚果糖产生依赖。
建议在医生的指导下，适量食用低聚果糖。对于胃肠道功能较弱、患有胃肠道疾病的患者，应谨慎食用，食用后有任何身体不适症状要及时前往医院就诊。