水痘停止出新痘痘的通常在第3-5天。水痘由水痘-带状疱疹病毒引起，病毒经呼吸道进入人体后，会在局部淋巴结繁殖，随后进入血液引发病毒血症，播散至全身皮肤等组织。从感染到出现症状有10-21天潜伏期，潜伏期结束后，病毒开始在皮肤细胞大量增殖，促使痘痘出现。
发病初期，即第1-2天，病毒在皮肤内快速复制，引发炎症反应。病毒刺激毛细血管扩张，血浆渗出，形成水疱，同时免疫细胞聚集，试图清除病毒，但此时免疫系统尚未完全建立有效防御，水痘不断出现。
到了第3天，人体免疫系统开始发挥重要作用。在病毒刺激下，T淋巴细胞被激活，分化为效应T细胞，它们能识别并攻击被病毒感染的细胞，抑制病毒在皮肤细胞内的复制，减缓新痘痘产生速度。
第4天，免疫系统进一步加强攻击。B淋巴细胞产生特异性抗体，与水痘-带状疱疹病毒结合，使其失去感染活性，同时激活补体系统，增强免疫细胞对病毒的吞噬和清除能力，大量病毒被消灭，新痘痘生成明显减少。
在第5天，经过免疫系统持续作用，大部分病毒已被清除，残留的病毒难以再引发大规模皮肤细胞感染。同时，身体开始修复受损组织，皮肤炎症逐渐消退，新痘痘基本停止出现。
若患者免疫功能低下，免疫系统清除病毒能力减弱，病毒复制难以得到有效控制，新痘痘出现时间会延长，甚至超过5天，病情也可能更严重，还易出现肺炎、脑炎等并发症。
此外，若患者搔抓水痘导致皮肤破损，不仅容易引发细菌感染，还会延缓皮肤修复，可能促使新的炎症反应发生，使原本应停止出现的新痘痘再次长出，影响病情恢复。