马拉色菌毛囊炎的治疗需综合考虑病情严重程度和个人情况，包括遵医嘱外用抗真菌药物、口服抗真菌药物等，以科学的方法逐步缓解病情。
1、外用抗真菌药物：对于马拉色菌毛囊炎的初期或轻度患者，可以在医生指导下局部涂抹抗真菌药物，这些药物能抑制或杀灭真菌，有效缓解毛囊炎的症状。轻度病情通常表现为散在分布的炎性丘疹，瘙痒程度较轻。
2、口服抗真菌药物：当皮损面积较大，外用药物治疗效果不明显时，患者可遵医嘱口服抗真菌药物，这些药物能有效抑制马拉色菌的生长，减轻症状。中度病情的患者可能出现密集分布的丘疹，瘙痒加重，出汗后较为明显。
3、物理治疗：物理治疗是药物治疗的辅助手段，包括远红外线照射等，有助于改善症状，促进恢复。中度到重度病情的患者，物理治疗能够加速炎症消退，减少皮损面积。
4、一般治疗：在治疗期间，患者应保持患处皮肤清洁干燥，少用油性产品以防堵塞毛囊，加重病情，衣物和个人用具应消毒、清洗以防再次感染。患者应避免抓挠受损部位以防感染细菌，并避免长期在潮湿环境中生活，一般治疗对于预防病情恶化具有重要意义。
马拉色菌引起的毛囊炎治疗期间，禁忌食用甜食、油腻食物及辛辣刺激性食物，避免滥用抗生素和糖皮质激素类药物，保持个人卫生，避免抓挠患处，禁用过于刺激性的化妆品和洗发水，以免加重病情或影响治疗效果。