阴茎隐隐作痛的原因较为复杂，可能由阴茎本身的炎症，如龟头炎、尿道炎累及阴茎所致；也可能因外部物理性损伤，像性生活不当、外力撞击引发；另外，泌尿系统结石移动刺激等，都可能是导致阴茎出现隐痛症状的潜在因素。
1、龟头炎：龟头处因细菌、真菌或其他病原体感染引发炎症。常见于个人卫生不佳，包皮过长或包茎者，污垢易在包皮下积聚，滋生细菌。炎症状态下，龟头及阴茎前端会出现红肿、疼痛，疼痛可为隐痛或刺痛，常伴有瘙痒、分泌物增多等症状。例如白色念珠菌性龟头炎，阴茎头会有红斑，表面光滑，边缘轻度脱屑，周围可能散在小丘疱疹或小脓疱，导致阴茎隐痛不适。
2、尿道炎：尿道炎未及时治疗，炎症蔓延至阴茎部尿道。细菌感染尿道黏膜，引发充血、水肿，炎症刺激神经产生疼痛，在排尿时，尿液流经炎性尿道，会加重隐痛感，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等典型尿道炎症状。若为性传播疾病如淋病、衣原体、支原体感染所致尿道炎，炎症累及阴茎段尿道，疼痛会更为明显且可能伴有尿道分泌物异常。
3、性生活损伤：性生活过程中动作过于粗暴、姿势不当或使用了不合适的器具，都可能导致阴茎海绵体白膜破裂、系带撕裂等损伤。初期可能仅表现为阴茎隐痛，随着损伤处出血、肿胀，疼痛会逐渐加剧，阴茎外观可能出现肿胀、淤血等表现。比如阴茎海绵体白膜破裂，患者会在性生活时突然感到阴茎剧烈疼痛，随后阴茎迅速肿胀淤血，若初期破裂口较小，可能先出现隐痛症状。
4、外力撞击：日常生活中，如运动时受到撞击、意外挤压等，外力直接作用于阴茎，导致软组织挫伤。受伤部位会出现疼痛，程度轻重不一，轻者表现为隐隐作痛，重者可能伴有血肿形成，影响阴茎正常功能。
5、泌尿系统结石：当膀胱结石、尿道结石移动至阴茎部尿道时，结石刺激尿道黏膜，引发疼痛。疼痛性质多为隐痛、胀痛，有时会因结石位置移动出现尖锐刺痛，还可能伴有血尿、排尿困难等症状。例如膀胱结石患者在排尿过程中，结石随尿液流动至后尿道，嵌顿在阴茎部尿道起始处，就会引起阴茎隐痛。
预防阴茎隐痛，日常要注意个人卫生，尤其是包皮过长者应每天翻开清洗。性生活时注意动作轻柔、姿势正确，避免外伤。积极治疗泌尿系统疾病，控制基础疾病如糖尿病的病情。定期体检，以便早期发现潜在健康问题。
阴茎隐隐作痛的护理措施
- 每日用温水清洗阴茎及会阴部，保持局部清洁干燥。清洗时动作轻柔，包皮过长者需将包皮翻开彻底清洗污垢。若有炎症，可在医生指导下使用温和的抗菌洗剂，但避免过度清洁损伤皮肤。
- 密切观察阴茎疼痛程度、性质、发作频率及伴随症状，如是否有红肿、分泌物、排尿异常等。若疼痛加剧、出现发热等全身症状，应及时就医。记录疼痛发作时间、诱因等，便于向医生准确描述病情。
- 穿着宽松、透气的棉质内裤，避免紧身裤对阴茎造成压迫与摩擦。减少久坐，避免长时间骑行，防止会阴部血液循环不畅加重疼痛。若因外伤导致疼痛，在急性期可适当冷敷缓解肿胀疼痛，48小时后改为热敷促进淤血吸收，但要注意温度适宜，避免烫伤。