脑干肿瘤由遗传因素、神经纤维瘤病、电离辐射、化学物质暴露、病毒感染、胚胎发育异常等引起，多因素共同作用促使肿瘤发生，了解病因有助于提高对该疾病的认识，为预防和治疗提供依据。
1、遗传因素：遗传综合征与脑干肿瘤的发生密切相关，特定的基因突变可通过遗传传递给子代，使子代具有更高的患脑干肿瘤风险，遗传改变可能影响细胞的正常发育、增殖和分化过程，为肿瘤的发生奠定基础，并且家族中可能存在多人受此影响。
2、神经纤维瘤病：是一种常染色体显性遗传病，神经纤维瘤病相关基因发生变异，会导致全身神经系统多发性肿瘤，脑干作为神经系统的重要部分，也容易受到影响，异常的基因产物干扰细胞内的信号传导通路，促使脑干细胞发生肿瘤性转化。
3、电离辐射：暴露于高强度的电离辐射环境是脑干肿瘤的诱因，如接受脑部放射性治疗时，电离辐射可能损伤脑干细胞的DNA结构，DNA损伤如果不能被细胞内的修复机制有效修复，可能导致基因变异，使细胞获得异常增殖能力，从而引发脑干肿瘤。
4、化学物质暴露：长期接触特定的化学物质会增加脑干肿瘤风险，如有机溶剂、重金属等，可能渗透到体内并与脑干细胞发生相互作用，化学物质可能干扰细胞的正常代谢过程，对DNA造成损害或者改变细胞内的基因表达模式，进而促使脑干肿瘤的发生。
5、病毒感染：部分病毒感染与脑干肿瘤的发生有关，病毒的基因物质可以整合到宿主细胞的基因组中，改变宿主细胞的基因表达调控，基因表达的改变可能打破细胞正常的生长平衡，诱导细胞异常增殖，最终导致脑干肿瘤的形成。
减少接触致癌性化学物质、避免长期经受辐射等有害因素，合理饮食、适量运动、保持良好心态等健康的生活方式，有助于降低脑干肿瘤等肿瘤疾病的风险。