阴茎小可能是遗传因素、激素水平异常、隐匿阴茎等原因引起的，阴茎大小通常指阴茎在疲软及勃起状态下的长度、周径等维度，一般认为，疲软状态下阴茎长度平均为4-6厘米，勃起时长度可增加至10-16厘米，勃起周径平均为9-12厘米。
1、遗传因素：阴茎大小很大程度上由遗传决定，如同身高、外貌特征等，遗传基因在阴茎的生长发育中起着关键作用。若家族中男性普遍阴茎较小，个体出现阴茎较小的概率也会相对增加，这是因为遗传信息决定了生殖器官发育的基础模式和生长潜力。
2、激素水平异常：雄性激素在阴茎发育过程中至关重要，在胎儿期，若雄激素分泌不足，阴茎的正常发育可能受阻，导致出生后阴茎较同龄人小。青春期是阴茎快速发育阶段，此时期下丘脑-垂体-性腺轴功能异常，如促性腺激素释放激素分泌减少，可使睾丸分泌雄激素不足，影响阴茎的生长，造成阴茎短小。
3、隐匿阴茎：是先天性阴茎发育异常疾病，阴茎体缩藏于体内，外观仅见包皮，而无阴茎形态。其形成原因是阴茎肉膜发育异常，限制了阴茎的伸出。隐匿阴茎若不及时治疗，不仅影响阴茎外观，还可能对患者心理造成不良影响，同时也可能影响成年后的性功能和生殖功能。
阴茎硬结症多发生于中老年男性，阴茎海绵体白膜形成纤维硬结。这些硬结可导致阴茎勃起时弯曲、疼痛，严重时影响阴茎的伸展，使阴茎在勃起状态下看起来相对短小，病因可能与阴茎外伤、炎症、遗传等因素有关。
阴茎小的注意事项
- 日常生活中，要避免对阴茎的外伤和不良刺激。如紧身衣物会对阴茎和睾丸造成压迫，影响局部血液循环，不利于阴茎发育。同时避免频繁手淫，过度手淫可能导致生殖器官反复充血，影响发育，还可能引发心理问题。
- 阴茎大小问题可能给患者带来心理压力，产生自卑、焦虑等情绪。患者要正确认识阴茎大小与性功能、生殖功能并非绝对相关，保持积极乐观的心态。若心理负担过重，可寻求心理医生的帮助，通过心理疏导缓解压力，避免心理问题进一步影响身心健康。