尿道口两边的肉肿了是否会自愈，需要根据引起肿胀的具体原因进行综合判断，如果是生理因素、轻微感染引起，通常能自愈。但是包皮过长、尿道炎、性传播疾病，很难自愈。
1、生理因素：如局部受到轻微摩擦或刺激，尿道口两边的肉可能会暂时出现肿胀，通过保持局部清洁、避免进一步刺激，肿胀可能会逐渐消退，实现自愈。
2、轻微感染：如果是由轻微细菌感染引起的肿胀，且患者自身免疫力较强，通过多喝水、勤排尿、保持局部清洁干燥等措施，也有可能使肿胀自行消退。
3、包皮过长：男性包皮过长且未做好清洁工作时，可能会导致尿道口两侧的皮肤受到刺激和摩擦，从而引发肿胀。肿胀可能难以自行消退，需要通过包皮环切手术等治疗方法解决。
4、尿道炎：尿道炎是尿道口两边肉肿的常见原因，通常由细菌感染引起。如果不及时进行治疗，炎症可能会持续加重，导致肿胀难以自愈。此时需要在医生指导下使用抗生素等药物进行治疗。
5、性传播疾病：如尖锐湿疣、生殖器疱疹等性传播疾病，也可能导致尿道口两边肉肿。此类疾病通常不会自愈，且可能通过性行为传播给他人。一旦发现相关症状，应及时就医进行专业治疗。
在不确定原因的情况下，建议患者及时就医进行检查和治疗。在治疗过程中患者应遵循医生的建议和指导，积极配合治疗促进早日康复。