巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是否可以治愈与患者自身情况以及治疗方法的选择有关，通过抗炎药物治疗、激素类药物治疗不可以治愈，但微创治疗、根治性手术治疗以及中医治疗可以治愈。
1、抗炎药物治疗
患有卵巢巧克力囊肿的患者，常伴有腹痛的症状，遵医嘱服用非甾体类抗炎药，如布洛芬缓释胶囊，对乙酰氨基酚片等，可有效缓解症状，但是这种治疗方法难以治愈。
2、激素类药物治疗
患者可以在医生指导下口服短效避孕药，如复方炔诺酮片，或者孕激素类药物，如醋酸甲地孕酮分散片，均可抑制囊肿发展，改善病情，但是难以治愈。
3、微创治疗
经腹腔镜手术是该疾病最佳的治疗方法，可以在较小的手术伤害上剥离囊肿，达到治疗疾病的效果，可以治愈，90%的人可能复发。
4、根治性手术治疗
对于没有生育要求的患者或者病情较重的患者可进行根治性手术治疗，需要切除子宫及双侧附件和病灶，此法可以治愈，复发率低。
5、中医治疗
中医治疗可以调节患者脏腑的功能失调，可以治标治本，可治愈卵巢巧克力囊肿并且复发率低。
患有卵巢巧克力囊肿的患者不要过于焦虑，保持良好的饮食习惯以及作息习惯，适当锻炼运动，增强体质，定期复查。