一般来说，囊肿直径大于5厘米时，常因可能对周围组织产生压迫等影响而考虑手术，但这并非绝对标准，需综合多方面因素判断。
囊肿是否手术不能仅依据大小来决定，对于肝囊肿和肾囊肿等常见囊肿，当直径小于5厘米且无任何症状时，通常只需定期超声观察。而当囊肿直径超过5厘米，就可能压迫周围组织和器官，影响其功能。比如肝囊肿压迫胆管可致黄疸，肾囊肿压迫肾实质可引发血尿、蛋白尿等，此时手术治疗会是一个可考虑的方向。若患者身体状况差，无法承受手术，或囊肿位置特殊导致手术风险过高，即使囊肿大于5厘米，也可能选择保守治疗或继续观察。
如果是卵巢囊肿，直径在3-5厘米，但为实性，或伴有肿瘤标志物升高、短期内生长迅速等情况，即便囊肿较小，也需考虑手术，因为这些表现可能提示囊肿有恶变倾向。胰腺囊肿也是如此，若直径超过3厘米，同时伴有腹痛、恶心、呕吐等症状，或者是有感染、出血等并发症的复杂性囊肿，通常也需要进行手术治疗。
此外，一些特殊部位的囊肿，如颅内囊肿，由于其所处位置的重要性和特殊性，即使囊肿较小，一旦引起头痛、头晕、视力障碍等神经系统症状， 也可能需要尽早手术。