儿童鼻窦炎长大后是否自愈，需区分不同情况判断。对于因感冒等上呼吸道感染引发的急性鼻窦炎，感染消退后，随着儿童鼻腔鼻窦的发育，黏膜纤毛系统逐渐完善，窦口引流功能增强，炎性物质排出顺畅，有较大机会实现自愈。
若儿童鼻窦炎由腺样体肥大导致，随着年龄增长，腺样体在10岁左右开始生理性萎缩，对鼻窦开口的压迫减轻，改善了鼻窦的通气引流状况，减少了细菌滋生环境，使得鼻窦炎在无外界干扰下，可借助机体自我修复能力逐渐好转。
免疫系统的完善也是自愈关键。儿童时期免疫系统尚不成熟，易受病原体侵袭。随着成长，免疫细胞活性增强，抗体产生增多，对引起鼻窦炎的常见病原体抵抗力提升，降低复发风险，为自愈提供可能。
若儿童鼻窦炎发展为慢性，且合并鼻息肉、鼻中隔偏曲等器质性病变，这些结构异常持续阻碍鼻窦引流，仅靠机体自身修复难以解决根本问题，即使成年后也难以自愈，往往需要手术干预。
当儿童鼻窦炎伴随过敏性鼻炎、哮喘等疾病时，过敏原持续刺激鼻腔鼻窦黏膜，导致炎症反复发作，黏膜长期处于充血水肿状态，破坏纤毛运动功能，这种情况下，炎症难以自行消退，需要系统治疗控制病情。
此外，若儿童鼻窦炎长期未得到规范治疗，炎症蔓延引发眶内、颅内等并发症，对周围组织造成不可逆损伤，不仅影响正常生理功能，还会形成持续感染源，使得自愈几乎不可能，必须依靠医疗手段干预。