直肠阴道瘘是一种异常的病理通道，连接直肠与阴道，导致粪便或气体从阴道排出，其病因复杂，主要是先天性因素、分娩损伤、手术及医源性因素等引起的。
1、先天性因素：主要是由于胚胎发育异常所致，常见于儿童，通常与肛门闭锁等肛门直肠畸形并存，是由于在胚胎发育过程中，直肠与阴道之间未能正常分隔而形成的。
2、分娩损伤：在自然分娩过程中，如果会阴保护不当或切开会阴偏离正常位置，可能会导致会阴、肛门甚至直肠的撕裂，进而形成直肠阴道瘘，粗暴的难产手术操作、缝合不当等也是造成瘘管形成的重要因素。
3、手术及医源性因素：包括直肠手术、吻合器手术、阴道手术等，尤其是在手术过程中操作不当或术后处理不当时，可能损伤直肠阴道隔，导致瘘管形成。如在直肠手术中，吻合器如果存在缺陷或不完全闭合，可能造成直肠与阴道之间的异常通道。
4、感染及炎症性损伤：包括肠道特殊的炎症性疾病如克罗恩病、肛周脓肿等，如果治疗不及时或处理不当，感染可能继续扩散并侵蚀周围组织，形成直肠阴道瘘，细菌性炎症、化学性药物及放射源性肠炎等也可能导致局部组织缺血、坏死，进而引发瘘管形成。
糖尿病患者由于易感染且伤口愈合能力差，容易并发直肠阴道瘘，长期安放子宫托不取、生殖器恶性肿瘤、放疗等也可能导致瘘管形成，特别是晚期内生殖器、盆腔内恶性肿瘤的局部浸润转移和组织溃烂，可以形成肿瘤性瘘道。