临床没有明确说明艾灸会阴穴最佳的时间，通常可在上午进行，也可以在下午进行，具体由患者到医院的就诊时间决定，施灸15分钟为宜。
会阴穴处于两阴之间，又为冲、任、督相会之所。在会阴部，男性当阴囊根部与肛门连线的中点，女性当大阴唇后联合与肛门连线的中点。艾灸会阴穴，可以治疗小便不利或失禁、痔疮、脱肛、遗精、阳痿、阴部瘙痒、溺水窒息、昏迷、癫狂等病症。
会阴穴灸治，会阴艾灸常治疗前列腺炎、阳痿、性病、妇科疾病等。用毫针在会阴穴留针施灸，可选用中艾柱挂在针柄上，也可用艾圈。会阴穴施灸时间不能过长，一般不超过15分钟。
如果是初次尝试艾灸会阴穴，建议进行5-10分钟的短时灸疗，观察身体的反应。如果身体适应，可以逐渐增加艾灸的时间，但是不超过15分钟，以免过度刺激。
艾灸会阴穴应该在医生或针灸师的指导下进行，孕妇需要慎用，如果出现任何不适，应立即停止艾灸。此外，经常做提肛运动，可间接按摩会阴穴。对男性早泄、女性月经不调，有较好的疗效。