阻断药最佳服用时间通常为暴露后6小时内，此时病毒活动相对集中且人体免疫反应尚未充分启动，药物能够更好地发挥作用。如果错过了这个时间，成功率会随着时间延迟而降低。
在艾滋病病毒暴露后，病毒进入人体后会有一个感染的过程。一般来说，在暴露后的6小时内，病毒可能主要集中在感染部位附近的细胞中，尚未广泛传播到全身。此时及时服用阻断药，药物可以迅速作用于这些局部区域，阻止病毒进一步侵入更多的细胞，有效抑制病毒的早期感染步骤，如病毒与细胞受体的结合、进入细胞内等过程。
阻断药进入人体后需要达到一定的药物浓度才能发挥最佳的阻断作用，在暴露后6小时内服用，药物可以相对快速地被人体吸收并分布到可能感染的部位。
一般来说，常用的阻断药如核苷类逆转录酶抑制剂、非核苷类逆转录酶抑制剂和蛋白酶抑制剂等，在口服后会在一定时间内开始被吸收进入血液循环。人体对药物有一定的代谢过程，而在6小时内服用阻断药，能够更好地利用药物的代谢特点来对抗病毒感染。
虽然在6小时内服用阻断药效果最佳，但如果在72小时内服用，也有一定的预防效果。随着时间的 推移，病毒在人体内的复制和扩散可能会逐渐增加，但阻断药仍然可以在一定程度上抑制病毒的复制。但是与6小时内服用相比，72小时内服用阻断药的风险会相应增加。
即使在6小时内服用了阻断药，也不能掉以轻心，需要按照医生的要求进行后续的跟踪检测。一般来说，在服用阻断药后的1个月、3个月、6个月等时间点需要进行艾滋病病毒抗体检测，以确定是否成功阻断了病毒感染。