一般情况下，怀孕5-6周小腹部痛可能与胎儿发育、炎症、先兆流产等因素有关。必要时建议及时就医，并进行相应的检查，有助于明确诊断。
1、胎儿发育：怀孕5-6周时可能会因为胎儿发育，导致孕妇子宫逐渐增大、变软，并且对外界刺激敏感，引起怀孕5-6周小腹部痛，一般注意休息即可缓解；
2、炎症：怀孕期间孕妇体质可能会产生部分改变，若未做好清洁，可能会导致感染的风险增加，如可能会引起盆腔炎或泌尿系统炎症。此时由于致病物质的刺激，可能会导致局部组织受损，出现怀孕5-6周小腹部痛的情况；
3、先兆流产：若怀孕5-6周时孕妇饮食、休息不当，可能会导致先兆流产的发生，从而会引起子宫出现收缩，造成怀孕5-6周小腹部痛的症状。