非典型增生并非单纯的良性或恶性状态，而是处于正常组织向恶性肿瘤转变的过渡阶段，其性质较为特殊。
- 从细胞形态学特征来看，非典型增生的细胞与正常细胞相比，已出现明显改变。细胞核增大，染色质增多且分布不均，细胞大小和形态各异，排列紊乱，极性丧失。
- 这些细胞形态的异常改变，使其区别于正常的良性细胞。然而，与癌细胞相比，非典型增生的细胞尚未完全具备癌细胞那种无限增殖、侵袭和转移的能力，所以又不能将其直接认定为恶性。
- 在生长方式上，良性组织的细胞生长通常有序且受到机体严格调控，细胞分裂速度适中，不会侵犯周围组织。而非典型增生的细胞生长速度加快，虽尚未突破基底膜向周围组织浸润性生长，但已表现出一定程度的失控状态。恶性肿瘤细胞则呈浸润性生长，如树根一样向周围组织扩散，破坏正常组织结构。非典型增生的生长方式处于良性与恶性之间，具有一定的不确定性。
从对身体的影响而言，良性病变一般对身体的危害较小，多表现为局部压迫症状，通过手术等治疗手段往往可以完全治愈，且预后良好。非典型增生若不及时干预，随着病情进展，有发展为恶性肿瘤的风险，对身体的潜在危害逐渐增大。一旦发展为恶性肿瘤，癌细胞会不断消耗机体营养，侵犯重要器官，严重威胁生命健康。
非典型增生良恶性的判断方法
1、病理组织学检查：是判断非典型增生良恶性的金标准，通过手术切除或穿刺等方式获取病变组织，在显微镜下观察细胞的形态、结构及排列方式。若细胞异型性较小，结构相对规则，多倾向于良性；若细胞异型性显著，结构紊乱，出现病理性核分裂象等，则提示恶性可能；
2、免疫组化检测：利用抗原与抗体特异性结合的原理，检测病变组织中特定蛋白质的表达情况。某些蛋白质在良性和恶性组织中的表达存在差异，如增殖细胞核抗原（PCNA）等，其高表达往往提示细胞增殖活跃，恶性可能性增加；
3、分子生物学检测：检测病变组织中的基因改变。一些基因的突变或异常表达与恶性肿瘤的发生发展密切相关，如p53基因等。若在非典型增生组织中检测到相关基因的异常，提示其向恶性转化的风险较高，有助于判断良恶性。