甲型流感和乙型流感在传染性、症状表现等方面均存在差异，虽然甲型流感在传染性和症状表现上可能更为严重，但乙型流感也不容忽视，特别是对于易感人群来说，两种流感都可能带来严重的健康威胁，无论感染哪种流感，都应采取必要的预防措施并及时就医。
- 甲型流感传染性通常更强，容易导致大范围的流行，甚至引起世界性的大流行。甲型流感病毒的宿主范围广泛，可以是人，也可以是禽类或畜类，存在人畜共患的风险。乙型流感传染性相对较弱，往往是局部流行，且病毒变异程度小，造成的流行机会比较小。乙型流感病毒的宿主主要是人。
- 甲型流感症状通常更为严重，包括高烧、全身肌肉酸痛、头痛、乏力等，且病程可能更长，持续3-5天，甚至可能合并其他并发症，如慢阻肺、糖尿病等。重症甲型流感患者还可能出现肺炎、呼吸衰竭、心肌炎、脑膜炎等严重并发症。
- 乙型流感症状相对较轻，主要表现为流鼻涕、打喷嚏等呼吸道症状，且病程相对较短，一般为1周左右，乙型流感也可能导致严重的疾病，如呼吸道感染、心血管疾病、肾脏疾病等，对于婴儿、儿童和老年人等易感人群，危害更为严重。
甲型流感的预后与机体自身的免疫功能状态以及病毒的毒力有很大关系，没有并发症的单纯性甲流预后较好，但如果出现各种并发症，如病毒性肺炎等，预后较差，甚至可导致患者死亡。乙型流感虽然症状相对较轻，但如果不及时治疗或患者本身存在基础疾病，也可能导致严重后果。