治疗灰指甲（甲癣）时，并不存在一种绝对“最好”且能“根治”的药物，因为治疗效果往往因个体差异而异。一般来说，治疗灰指甲需要结合外用药物和口服药物，并在医生的指导下进行。
1、口服药物：
- 伊曲康唑胶囊：这是一种广谱抗真菌药物，能够用于皮肤癣菌感染所引起的指甲增厚、颜色改变等症状的治疗。其使用方法是按疗程服用，一般吃一个星期停三个星期为一个疗程，通常需要连续使用几个疗程。
- 盐酸特比萘芬片：此药物能够干扰真菌固醇的早期合成，起到杀灭或抑制真菌的作用。它也是治疗灰指甲的常用药物之一。
- 氟康唑胶囊：属于抗真菌药物，能够抑制体内真菌的生长和繁殖，对治疗灰指甲也有一定效果。
2、外用药物：
- 盐酸阿莫罗芬搽剂：主要成分为盐酸阿莫罗芬，适用于敏感真菌引起的指（趾）甲感染。
- 环吡酮胺乳膏：可用于治疗浅部皮肤真菌感染，包括甲癣。
- 复方水杨酸溶液、尿素软膏：对于病情较轻，真菌感染局限于指甲表面的患者，可以使用这些外用药物进行涂抹，直至新甲长出。
对于不伴手足癣的单个灰指甲，且药物治疗效果不佳时，可以考虑拔甲或病甲清除术，但手术拔甲损伤较大，需谨慎选择。
治疗灰指甲需要长期坚持，因为指甲的生长速度较慢，治疗过程可能较长。在治疗期间，应注意保持指甲的清洁和干燥，避免感染加重，如果患有足癣等真菌感染性疾病，应同时进行治疗，以防止灰指甲复发。口服抗真菌药物可能对肝脏造成一定负担，因此在用药前应进行肝功能检查，并在用药期间定期复查。