先天性巨结肠成因并不是单一因素所致，而是多基因遗传和环境因素共同作用结果，不能简单将先天性巨结肠归咎于父亲或母亲某一方。
1、遗传因素：
先天性巨结肠具有遗传倾向，是一种多基因遗传性疾病。意味着多个基因变异可能增加患病风险，而基因变异可能来自父母双方。研究表明如果家族中有先天性巨结肠病史，特别是直系亲属，如父母、兄弟姐妹患病，其他家族成员患病风险增加。但并不意味着每个携带基因变异的人都会发病，因为发病还受到其他多种因素影响。
2、环境因素：
在先天性巨结肠的发病中也起着重要作用，可能包括母亲在孕期营养状况、生活环境、情绪状态、疾病情况以及是否受到药物、射线、中毒或精神创伤等因素影响，如母亲妊娠早期病毒性感染、严重营养不良、药物暴露或精神创伤等都可能增加胎儿发生先天性巨结肠的风险。
3、综合因素：
先天性巨结肠的发病是遗传和环境因素共同作用的复杂过程，不同个体可能因遗传背景和环境暴露不同而表现出不同的发病风险。
在评估先天性巨结肠的发病原因时需 要综合考虑多个因素，而不能简单归咎于某一方。在预防和治疗先天性巨结肠时，需要综合考虑多个方面的因素，并采取相应的措施，降低发病风险和提高治疗效果，帮助患者改善不适症状。