阿立哌唑对大脑的危害主要体现在锥体外系反应、脑电活动异常、意识障碍、抽搐发作、恶性综合征等方面，同时还可能引起其他系统的不良反应。在使用阿立哌唑时务必遵循医嘱，注意用药安全和监测不良反应。
1、锥体外系反应：阿立哌唑可能导致纹状体紊乱，进而引发锥体外系反应，患者可能出现静坐不能、震颤、肌强直等症状。但一般症状较轻微，且相对于其他抗精神分裂症药物，阿立哌唑引起锥体外系反应的概率较低。
2、脑电活动异常：阿立哌唑可以影响大脑神经信号的传递，导致大脑神经信号传递紊乱。可能出现脑电活动异常，具体症状可能因个体差异而异。
3、意识障碍：阿立哌唑具有轻度阻断肾上腺素α1受体和5-羟色胺H1受体的作用。患者可能出现嗜睡情况。如果患者服用阿立哌唑时骤然减量或停药，可能出现昏睡、意识模糊、神情淡漠等意识障碍症状。
4、抽搐发作：阿立哌唑可能导致抽搐阈值降低。患者可能出现抽搐发作的情况，尤其是大脑癫痫阈值较低的患者。
5、恶性综合征：若服用阿立哌唑的人群增量速度过快，或服用降低阿立哌唑排泄速率的药物如苯二氮䓬类药物、乙醇等，导致阿立哌唑的血药浓度过高。患者可能出现不语不食、肌张力增高等恶性综合征的表现。但需要注意的是，这些症状通常并不明显。
6、消化道不良反应：厌食、恶心、呕吐、肠胃炎、吞咽困难、胃肠胀气等，严重时可能诱发肠胃炎、胆囊炎、胃溃疡、胃出血等并发症。为了减少药物对胃肠道的刺激，一般建议患者在饭后服用。
7、心血管系统不良反应：诱发心动过速、低血压、心动过缓、心脏停搏、心房颤动、心绞痛等，因此心血管疾病的患者在服用该药后应密切观察。
使用阿立哌唑制剂的患者需要先前往医院神经内科就诊，通过视诊、脑电图、肌电图等检查以明确病因。患者病情稳定后不能突然停药，要进行逐次减量，并在减量过程中观察患者的精神状态。