虽然现代营养学中并没有绝对意义上的食物相克导致中毒等严重后果一说，但在食用鱼油时，不太适宜和高汞鱼类、富含草酸的食物、高纤维食物等一起吃。
1、高汞鱼类：像鲨鱼、旗鱼、方头鱼等属于高汞鱼类，鱼油本身富含对人体有益的不饱和脂肪酸，旨在为身体提供营养支持，尤其是对心脑血管、神经系统有益。若与高汞鱼类同食，汞元素会随着食物进入人体，由于鱼油能促进脂溶性物质吸收。汞这种重金属更易在体内蓄积，损害神经系统，引发记忆力减退、手脚麻木、失眠等症状。长期甚至可能影响儿童大脑发育，增加老年痴呆风险。
2、富含草酸的食物：菠菜、苋菜、甜菜等富含草酸，鱼油中的钙等矿物质含量虽不算极高，但也是营养成分之一。当与富含草酸的食物一起食用时，草酸会与钙结合形成草酸钙沉淀，不仅影响鱼油中钙的吸收。长期如此，还可能增加患结石的风险，尤其是对于本身就有结石倾向或家族病史的人群，更易诱发泌尿系统结石。出现腰痛、血尿等症状，危害身体健康。草酸钙沉淀在胃肠道内，还可能刺激胃肠道黏膜，引发消化不良，出现腹胀、腹痛、恶心等症状。干扰肠胃正常功能，降低食欲，影响整体营养物质的摄取。
3、高纤维食物：全谷物、豆类、坚果等富含膳食纤维，适量食用对健康有益。但如果在服用鱼油时，同时大量进食这些高纤维食物，膳食纤维会吸附鱼油，使其难以在肠道内被充分释放、吸收，降低鱼油的生物利用度。人体无法有效摄取鱼油中的关键营养成分，削弱了鱼油对心血管、大脑的保健作用。
酒精主要在肝脏代谢，鱼油中的脂肪也需要肝脏参与分解。二者同时大量摄入，会让肝脏负担过重，一方面酒精可能损伤肝细胞，引发炎症，导致肝功能指标异常升高。另一方面，鱼油的正常代谢受干扰，无法发挥最佳保健效果，长期如此，易引发酒精性肝病、脂肪肝等肝脏疾病，危害身体健康。
不适合吃鱼油的人群
- 鱼油通常提取自深海鱼类，对于海鲜过敏的人群，食用鱼油可能引发过敏症状。轻者皮肤出现瘙痒、红斑、风团，影响外观与舒适度。重者呼吸道黏膜水肿，导致呼吸困难、气喘，甚至过敏性休克，危及生命，此类人群必须远离鱼油制品。
- 即使之前未接触过鱼油，但由于其原料来源，海鲜过敏者体内的免疫系统可能误将鱼油中的某些成分识别为过敏原。引发免疫反应，所以应格外警惕，避免尝试食用。
- 手术前若大量食用鱼油，其抗凝血作用可能导致术中出血过多，增加手术风险与难度，延长手术时间。不利于手术顺利进行，医生操作时需更加小心谨慎，时刻警惕大出血风险。