肛门镜检查费用受医院等级、地区差异、检查方式、是否联合其他检查以及医保政策等因素影响，价格区间较大，一般在100-600元不等，患者在进行肛门镜检查时，应综合考虑各方面因素，同时了解医保政策，以减轻经济负担。
1、医院等级：不同等级的医院收费标准有所差异，大型三甲医院通常设备先进、技术水平高，费用相对较高，在三甲医院进行肛门镜检查，费用大概在200-400元，而基层医院的费用可能在100-300元。
2、地区差异：不同地区的经济发展水平和物价水平不同，肛门镜检查的费用也有较大差异，经济发达地区如北京、上海、广州等地，费用可能较高，一般在300-500元，而中西部地区的费用相对较低，大概在150-300元。
3、检查方式：肛门镜检查有普通肛门镜检查和电子肛门镜检查等不同方式，普通肛门镜检查费用相对较低，通常在100-200元，电子肛门镜检查由于图像更清晰、诊断更准确，费用可能会稍高一些，大约在200-400元。
4、是否联合其他检查：如果在肛门镜检查的同时，还进行其他相关检查，如直肠指检、大便常规等，费用会相应增加，若加上其他检查，可能总共在300-600元。
医保政策对肛门镜检查费用也有一定影响，如果患者参加了医保，部分费用可以报销，报销比例因地区和医保类型而异，职工医保的报销比例相对较高，居民医保次之。