3cm间质瘤未必是早期，需结合生长部位、核分裂象及转移情况综合判定。多数无转移、低核分裂象的胃间质瘤属早期，而高核分裂象或位于小肠等部位的肿瘤可能分期较晚。明确分期需依赖病理及影像学检查，精准评估是制定治疗方案和判断预后的核心前提。
从肿瘤生长部位来看，不同位置的3cm间质瘤临床意义差异较大。位于胃的3cm间质瘤，若局限于黏膜下层或固有肌层，未突破浆膜，核分裂象≤5/50HPF，按TNM分期多属于Ⅰ期，即早期范畴。此类肿瘤生长相对局限，未侵犯周围组织，通过规范手术切除后预后良好。
而位于小肠、结直肠或食管的3cm间质瘤，情况则更为复杂。这些部位的间质瘤即使体积相同，侵袭性常高于胃部肿瘤。若核分裂象＞5/50HPF，或已侵犯浆膜外组织，可能属于Ⅱ期甚至更晚期，此时肿瘤发生转移的风险显著升高，治疗策略需更积极，术后可能需辅助靶向治疗。
核分裂象是判断间质瘤恶性潜能的关键指标，对分期至关重要，同样是3cm的胃间质瘤，核分裂象≤2/50HPF属于极低危，明确为早期；若核分裂象在3-5/50HPF之间则为低危，仍属早期范畴，但需密切随访；若核分裂象＞5/50HPF，即使未发现转移，也可能归为 中高危，临床分期需相应上调。
是否存在转移是分期的决定性因素，3cm间质瘤若已出现肝转移、腹腔种植或淋巴结转移，无论原发部位和核分裂象如何，均属于晚期。但临床中3cm间质瘤发生远处转移的概率较低，多数无转移的3cm肿瘤经全面评估后，若符合局限生长、低核分裂象特征，可判定为早期，及时手术切除预后佳。