新生儿吞咽功能不行的原因是多方面的，并不一定是脑问题。新生儿吞咽功能的发展是一个逐步成熟的过程，受到多种因素的影响。
- 新生儿在出生后的早期阶段，其神经系统和肌肉系统都尚未完全发育成熟，这可能导致口腔和咽喉部的协调运动能力不足，进而出现吞咽困难和呛咳等情况。这种情况下的吞咽功能不行，通常与新生儿的整体发育水平有关，而非特指脑部问题。
- 当新生儿出现吞咽功能明显障碍时，需要考虑到脑部问题的可能性。脑部损伤，如出生时缺氧、缺血性脑病、脑损伤、颅内感染、颅内出血等，都可能影响到新生儿的吞咽功能。这些脑部问题会导致神经系统的正常发育受到干扰，进而影响口腔和咽喉部的肌肉控制能力，使新生儿在吞咽过程中出现困难。
- 除了脑部问题外，新生儿吞咽功能不行还可能与其他因素有关。早产或极低体重出生儿可能由于长期胃管喂养，导致吞咽功能没有得到充分锻炼而减退，先天发育异常，如肺功能发育不良、先天性气管食管瘘、腭裂等，也会影响新生儿的正常吞咽。咽喉炎等呼吸道疾病也可能导致新生儿吞咽时感到不适，从而表现出吞咽功能不行的症状。
因此当新生儿出现明显的吞咽功能障碍时，家长应及时带其到医院就诊，进行全面的检查和评估，以明确具体原因并采取相应的治疗措施。通过专业的医疗干预和康复训练，大多数新生儿的吞咽功能可以得到有效的改善和提升。