基孔肯雅热通过人与人直接接触传播极为罕见，其核心传播途径为人→蚊→人的蚊媒循环链，仅在极特殊情况下存在母婴、血液或实验室暴露等非主流传播可能。
基孔肯雅病毒的主要传播媒介是埃及伊蚊和白纹伊蚊，当蚊虫叮咬处于病毒血症期的患者后，病毒在蚊体内繁殖2-10天，再通过叮咬健康人完成传播。中国疾控中心明确指出，该病毒不具备通过日常接触，如握手、共餐、咳嗽、打喷嚏等引发人际传播的能力。
极少数非蚊媒传播案例需满足特定条件，母婴垂直传播方面，孕妇感染后病毒可能通过胎盘或分娩时接触母体血液传染胎儿，但概率较低且需孕晚期感染等高危因素叠加。血液传播需直接接触感染者血液或使用未灭活病毒的血制品，规范采供血流程可有效阻断风险。实验室暴露传播仅见于操作失误导致的高浓度病毒样本接触，属于职业防护范畴，这些传播方式在自然状态下极为罕见。
防控基孔肯雅热的核心在于切断蚊媒传播链，个人防护需做到三避免，避免蚊虫高峰期户外活动、避免皮肤裸露、避免使用未经验证的民间驱蚊偏方；社区防控应落实三清，清除小型积水容器、清理蚊虫孳生地、 清查输入性病例。医疗机构需对疑似病例实施防蚊隔离至退热后5天，防止其成为传染源。
临床尚无针对基孔肯雅热的特效药物或疫苗，治疗以对症支持为主。患者出现突发高热、关节剧痛等症状时，应立即就医并主动告知旅行史，以便与登革热、寨卡病毒病等蚊媒传染病进行鉴别诊断。