艾滋病窗口期有可能查出来。艾滋病窗口期是指从感染艾滋病病毒到体内产生足够量的、能用检测方法查出艾滋病病毒抗体之间的这段时期。虽然窗口期内抗体可能尚未产生或量不足以被检测到，但可通过其他检测方法发现病毒感染迹象。
从检测方法来看，常用的艾滋病检测方法包括抗体检测、抗原抗体联合检测和核酸检测，不同方法在窗口期的检测效果有所不同。
抗体检测是诊断艾滋病的金标准，但在窗口期，由于HIV抗体尚未出现或含量过低，可能检测结果为阴性，无法排除艾滋病感染。一般来说，第三代抗体检测试剂的窗口期约为3周，若使用此方法，在窗口期早期检测，很可能得到阴性结果。
抗原抗体联合检测，即第四代检测方法，可同时检测HIV抗原和抗体。绝大部分人可在感染后2-6周通过这种方法发现感染，其窗口期相对抗体检测缩短了约1周。这是因为HIV感染人体后，抗原会先于抗体出现，所以该方法能更早检测到病毒感染迹象。
核酸检测则是直接检测病毒RNA，窗口期可缩短到1周左右。感染HIV后，病毒在体内快速复制，血浆中可检测出病毒RNA。因此，核酸检测是窗口期早期检测的有效手段，尤其适用于高危行为后急需确定是否感染的情况。不过，核酸检测费用较高，通常不用于常规筛查。
此外，血常规检查和血清学检查可作为辅助检测手段。在窗口期，血常规可能显示白细胞、红细胞、血小板、血红蛋白均有不同程度的降低，血清学检查可发现CD4+T淋巴细胞明显减少，CD4/CD8+T淋巴细胞比值倒置等。但这些指标变化不具有特异性，只能为诊断提供参考，不能仅凭此确诊艾滋病感染。
由于个体差异，每个人的窗口期时间长短可能不同。因此，即使在窗口期内通过某种检测方法未查出感染，也不能完全排除艾滋病感染，建议在高危行为后8周或12周再次进行抗体检测，若12周内未再发生高危行为且检测结果为阴性，可基本排除感染。