葛根芩连丸具有解肌透表、清热解毒、利湿止泻等功效，主要用于湿热蕴结所致的泄泻腹痛、便黄而黏、肛门灼热，以及风热感冒所致的发热恶风头痛身痛。
葛根芩连丸主要由葛根、黄芩、黄连、炙甘草等成分组成，方中葛根甘辛平凉，入脾、胃经，既解表清热，又升发脾胃清阳之气而治泄泻，故为君药。
黄芩、黄连苦寒清泄，善清热解毒、燥湿止痢，二者相须为用，助君药清热解毒而止泄泻，故为臣药。炙甘草甘平，既解毒、缓急和中，又调和诸药，为佐使药。全方配伍，外疏内清，表里同治，共奏解肌透表、清热解毒、利湿止泻之功。
但是需要注意的是，脾胃虚寒者、慢性寒性疾病慎用，不可过量、久用，严重脱水者应采取相应的治疗措施。服药期间，饮食宜清淡，忌食生冷、油腻、难消化食物。
有慢性结肠炎、溃疡性结肠炎便血等慢性病史者，出现泄泻后应去医院就诊。有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者或正在接受其他治疗的患者，应在医师指导下服用。儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者，应在医师指导下服用。