黑枸杞和红枸杞在外观、药物来源、性味功效、口感食用方法以及价格方面，均存在明显差异，建议在医生指导下进行药物的选择。
1、外观：黑枸杞的颜色呈深黑色或紫黑色，颗粒相对较小，形状偏圆形，带有明显的果柄，泡水后颜色会呈现蓝紫色。而红枸杞呈现鲜艳的红色，形态偏长，通常无果柄，泡水后颜色多为淡黄色。
2、药物来源：黑枸杞主要来源于茄科植物黑枸杞的根皮或果实，多生长在海拔较高的沙漠地带，如青海柴达木盆地等。而红枸杞主要来源于植物枸杞的成熟果实，全国各地几乎都有生长，其中宁夏枸杞以其优良的品质而驰名中外。
3、性味功效：黑枸杞味苦、性寒，具有清肺热、止咳以及消炎的功效。含有丰富的花青素、蛋白质、维生素和矿物质等营养成分，尤其是花青素的含量极高，具有强大的抗氧化作用。而红枸杞则味甘、性平，具有滋补肝肾、益精明目的功效，含有丰富的胡萝卜素、氨基酸、多糖等多种成分，对于肝肾阴虚引起的眩晕、易疲劳、眼花、腰膝酸软等症状，有较好的治疗效果。
4、口感食用方法：黑枸杞的含糖量较低，泡水后的甜味也相对较低。由于含有较高的花青素，而花青素不耐高温，所以黑枸杞不宜高温食用，建议用温水或冷水浸泡。而红枸杞的含糖量稍高，吃起来有明显甜味，适合用来煮汤、熬粥、泡水等多种食用方式。
5、价格：由于黑枸杞的生长环境特殊，产量相对较低，且其营养价值极高，所以价格相对较高，一般黑枸杞的价格是红枸杞的5-8倍。
在选择时，应根据自身的需求和体质特点，选择适合自己的枸杞品种。无论选择哪种枸杞，都应遵循适量食用的原则，以免过量食用对身体造成不良影响。