HPV一旦感染不会终生携带，大多数情况下，人体免疫系统可自行清除病毒，仅有少数持续感染的情况才可能引发健康问题。
人体免疫系统对HPV感染起着关键作用，当HPV侵入人体后，免疫系统会迅速识别病毒抗原，启动免疫应答机制。免疫系统中的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会通过细胞免疫和体液免疫，攻击并清除感染的细胞和病毒颗粒。在感染后的1-2年内，约80%的HPV感染可被免疫系统自然清除，这得益于人体强大的自我防御和修复能力。
HPV病毒存在多种亚型，其致病性与感染后的转归各有不同。低危型HPV如HPV6、HPV11等，主要引起生殖器疣等良性病变，多数情况下人体免疫系统也能将其清除。而高危型HPV如HPV16、HPV18等，虽然与宫颈癌等恶性肿瘤相关，但并非感染后就会持续存在。只有在免疫系统功能低下，无法有效清除病毒，导致病毒持续感染超过2年以上，才可能引起宫颈上皮内瘤变等病变，增加患癌风险。
影响HPV感染转归的因素较为复杂，个人的生活方式、健康状况等都与病毒清除密切相关。例如长期熬夜、营养不良、吸烟酗酒等不良习惯会削弱免疫系统功能，增加病毒持续感染的可能。同时，患 有艾滋病、自身免疫性疾病等导致免疫功能受损的人群，清除HPV的难度会显著增加，但也并非完全不能清除。