小便有刺痛感且感觉尿不干净可能由多种因素引起，如生理因素，饮食刺激和憋尿会刺激尿道黏膜，病理因素更为复杂，如尿路感染、尿路结石等。
1、生理因素：饮食过于辛辣或刺激性食物，如花椒、辣椒等，以及长时间憋尿，都可能导致尿道黏膜受到刺激，出现小便刺痛和尿不干净的感觉。调整饮食，避免刺激性食物的摄入，保持良好的排尿习惯，避免长时间憋尿。
2、尿路感染：通常由细菌引起，细菌繁殖并刺激尿道黏膜，导致小便时出现刺痛感，并伴有尿频、尿急、尿不尽等症状，可配合医生使用抗生素药物治疗，以消除感染。
3、尿路结石：指在尿路中形成的硬块，结石在尿路中移动时可能会划伤尿道黏膜，导致疼痛和不适，还可出现血尿和尿不干净的症状。根据结石的大小和位置，可使用体外冲击波碎石手术或其他排石治疗。
4、前列腺问题：前列腺炎、前列腺增生等前列腺问题可能导致小便刺痛和尿不干净，前列腺位于尿道下方，当前列腺发生炎症或增生时，可能会压迫尿道，引起疼痛和排尿不畅，可根据医嘱使用抗生素药物治疗或其他针对前列腺增生的治疗方法。
出现小便有刺痛感还感觉尿不干净时，应及时就医检查，明确病因后采取针对性的治疗措施，并遵医嘱用药。在日常生活中，注意保持良好的卫生习惯，多喝水，避免憋尿，有助于预防此类症状的发生，避免不洁性行为，以减少性传播疾病的风险。