盐藻是一种营养丰富的食物，其副作用和危害主要是可能会与药物相互作用、导致食物中毒、引起过敏反应、影响生长发育，以及增加出血倾向。盐藻具有迅速调节机体酸碱平衡的作用，其作用机理十分复杂。
1、与药物相互作用
盐藻中含有生物碱，可能会与某些药物相互作用，影响药效。因此，在服用药物时，需要注意是否与盐藻有相互作用的可能性；
2、导致食物中毒
盐藻有很高的光合作用效率，可以吸收大量的二氧化碳，同时也是一种重要的食物来源。其中含有微囊藻毒素，食用后可能会导致机体出现腹痛、腹泻等食物中毒的情况。食用受微囊藻毒素污染的海产品，如贝类、鱼类等，需注意选择正规渠道和有资质的商家；
3、引起过敏反应
盐藻中含有蛋白质和多糖类物质，如果自身属于易过敏的体质，可能会出现盐藻过敏的情况，导致皮肤瘙痒、红肿等一系列不适症状；
4、影响生长发育
婴幼儿应谨慎食用盐藻，婴幼儿体质较弱，食用盐藻可能会影响生长发育；
5、增加出血倾向
出血倾向者的凝血速度慢，不建议食用盐藻。若食用盐藻，则可能会加重病情，使出血更不易凝结，对身体不利。
盐藻中含有大量的矿物质，矿物质在人体内具有重要的生理功能。盐藻中的大量矿物质、氨基酸、维生素等可调节细胞酸碱平衡，为细胞提供中性或者弱碱性的生存环境，可使细胞更具活力。