复方氯己定通常是指复方氯己定含漱液，和聚维酮碘含漱液都是口腔科常用的药物，区别在于成分不同、颜色不同、类型不同、适应证不同、禁忌证不同、不良反应不同、抗菌机制不同。
1、成分不同：聚维酮碘含漱液的成分主要是聚维酮碘。复方氯己定含漱液的成分主要包括葡萄糖酸氯己定、甲硝唑等。
2、颜色不同：聚维酮碘含漱液的颜色是红棕色，复方氯己定含漱液的颜色是黄色。
3、类型不同：聚维酮碘含漱液属于氧化剂类含漱液；复方氯己定含漱液则为非氧化剂类含漱液。
4、适应证不同：聚维酮碘含漱液主要用于辅助治疗口腔溃疡、牙龈炎、冠周炎等疾病，还可以用于口腔手术前的消毒以及日常的口腔消毒保健。复方氯己定含漱液主要用于辅助治疗牙龈炎、牙周炎、冠周炎、口腔溃疡等疾病。
5、禁忌证不同：聚维酮碘含漱液的禁忌证是甲状腺功能异常、肾功能异常、孕妇、对碘过敏者。复方氯己定含漱液的禁忌证是对该药物过敏者。
6、不良反应不同：聚维酮碘含漱液的不良反应尚不明确，但是使用时需避免接触眼睛和其他黏膜，且不宜长期连续使用。复方氯己定含漱液可能会导致过敏反应或口腔黏膜浅表脱屑，还可能导致牙齿着色、舌苔发黄、味觉改变，不宜贮存在金属容器中，应置于儿童不能触及处。
7、抗菌机制不同：聚维酮碘含漱液通过释放新生态碘原子，与菌体蛋白质结合，使酶发生不可逆的变性，从而起到杀菌作用。复方氯己定含漱液中的葡萄糖酸氯己定能干扰细菌胞浆膜的合成，阻碍其代谢过程，进而发挥抑菌效果。
在使用上述两种药物时，应根据自身病情和医生建议合理选择，不建议自行使用。