膀胱镜检查时，大部分患者会感到一定程度的不适，具体的痛苦程度因个体差异和操作情况有所不同。检查时，需将膀胱镜经尿道插入膀胱，过程中尿道黏膜受刺激，会引发不适。
检查过程中，尿道扩张是不适的主要来源。膀胱镜管径较尿道自然状态粗，插入时需撑开尿道，黏膜受到牵拉、摩擦，多数人会有酸胀、刺痛感，尤其在尿道狭窄处，这种感觉会更明显。
操作时长也会影响痛苦程度，若检查顺利，快速完成，不适持续时间短；若因患者尿道解剖结构复杂，或需进行活检、取异物等额外操作，耗时延长，不适体验会相应增加。
此外，个体痛觉敏感度差异很大。痛阈较低者，对检查刺激反应强烈，痛苦感更明显；而痛阈高的患者，可能仅感觉轻微不适。
在检查前，医生会采取措施减轻痛苦，如使用局部麻醉剂，涂抹或注入尿道，麻醉黏膜，降低其敏感性。检查时，医生也会尽量轻柔操作，减少不必要的刺激。
检查后患者可能出现血尿、尿道疼痛等情况，这多为正常现象，一般1-2天可自行缓解。患者需多饮水，增加排尿，以冲洗尿道，促进恢复。
若出现发热、尿痛加剧等异常，应及时就医。同时，检查前 应向医生告知自身病史、过敏史等，便于医生评估并做好相应准备，让检查更顺利，减轻痛苦。