血液病的治疗难度因疾病类型、患者个体差异以及医疗技术水平等多种因素而异，临床上较难治疗的有骨髓增生异常综合征、阵发性睡眠性血红蛋白尿症等。
1、骨髓增生异常综合征：骨髓增生异常综合征是一组起源于造血干细胞的异质性髓系克隆性疾病，患者常表现为无效造血、难治性血细胞减少，容易转化为急性白血病。治疗方法包括支持治疗、免疫调节剂治疗、去甲基化药物治疗等，但总体疗效有限，部分患者预后较差。
2、阵发性睡眠性血红蛋白尿症：这是一种获得性造血干细胞基因突变导致的溶血性疾病，患者常出现血管内溶血、血红蛋白尿、贫血、血栓形成等症状。治疗方法包括对症治疗、免疫抑制治疗等，但部分患者病情顽固，治疗效果不理想，且容易出现并发症，影响生活质量和生存期。
3、重型再生障碍性贫血：重型再生障碍性贫血患者的骨髓造血功能严重衰竭，导致全血细胞减少。免疫抑制治疗和造血干细胞移植是主要的治疗方法，但治疗过程中存在感染、出血等风险，且部分患者对治疗反应不佳，需要长期依赖输血和药物治疗。
4、多发性骨髓瘤：多发性骨髓瘤是一种浆细胞恶性增殖性疾病，肿瘤细胞在骨髓内大量增生，导致骨骼破坏、贫血、肾功能损害等。,治疗方法包括化疗、靶向治疗、造血干细胞移植等，但疾病容易复发，且随着治疗次数增加，疗效可能逐渐下降。
5、急性髓系白血病：急性髓系白血病进展迅速，病情凶险。尽管化疗和造血干细胞移植是主要的治疗手段，但仍有部分患者对治疗反应不佳，尤其是老年患者或具有高危染色体核型的患者。且治疗过程中容易出现感染、出血等严重并发症，影响治疗效果和预后。
6、淋巴瘤合并噬血细胞综合征：是一种罕见且严重的疾病，淋巴瘤细胞激活免疫系统，导致过度的炎症反应和噬血细胞现象，患者常出现高热、肝脾肿大、全血细胞减少等症状。治疗需要同时针对淋巴瘤和噬血细胞综合征进行，治疗难度大，预后不良。
难治性血液病的预后受多种因素影响，包括疾病类型、患者年龄、身体状况、治疗方案等，存在较大的个体差异。