在人体医学角度，病毒、细菌和真菌是三种不同的病原体，对人体健康有着不同影响，存在诸多区别，包括结构特征不同、生存方式不同、引发疾病类型不同等。
1、结构特征不同：病毒结构最为简单，无细胞结构，仅由核酸（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成。细菌具有细胞结构，有细胞壁、细胞膜、细胞质等基本结构，细胞内无成形细胞核，遗传物质分散在细胞质中。真菌同样有细胞结构，但细胞内有成形细胞核，属于真核生物，且部分真菌有菌丝等特殊结构。
2、生存方式不同：病毒无法独立生存，必须寄生在人体细胞内，利用细胞内物质进行复制繁殖。细菌多数可独立生存，通过摄取周围环境中的营养物质，如有机物、无机物等进行代谢和生长。真菌生存方式多样，有的可在环境中独立生长，依靠分解有机物获取营养；有的则可与人体形成共生或寄生关系。
3、引发疾病类型不同：病毒常引发具有传染性的疾病，如流感病毒导致流行性感冒，新冠病毒引发新冠肺炎，这些疾病往往传播迅速。细菌引发的疾病种类繁多，如肺炎链球菌可致肺炎，大肠杆菌能引发肠道感染等，既有急性感染，也有慢性感染。真菌多引起皮肤、黏膜及深部组织的感染，如皮肤癣菌导致体癣、股癣，白色念珠菌可引发霉菌性阴道炎等。
4、传播途径不同：病毒传播途径广泛，可通过空气飞沫传播，如流感病毒；也可经接触传播，像手足口病病毒；还能通过血液、母婴等传播。细菌传播途径有接触传播，如金黄色葡萄球菌可通过接触污染物品传播；呼吸道传播，如结核杆菌；消化道传播，如伤寒杆菌。真菌主要通过接触传播，包括直接接触感染部位或接触被真菌污染的物品。
此外，对人体免疫系统的刺激也不同，病毒入侵人体后，免疫系统先启动固有免疫应答，随后引发特异性免疫，产生抗体和细胞毒性T细胞对抗病毒。细菌感染人体时，免疫系统通过识别细菌表面抗原，激活免疫细胞，产生炎症反应，分泌抗体和细胞因子清除细菌。真菌刺激免疫系统后，主要通过细胞免疫发挥作用，巨噬细胞等免疫细胞吞噬真菌，T淋巴细胞参与调节免疫反应。
病毒细菌和真菌的检查项目
- 针对病毒感染，常用核酸检测，通过PCR等技术扩增病毒核酸来确诊，如新冠病毒核酸检测。血清学检测可检测血液中病毒抗体，判断是否感染及感染阶段，像乙肝病毒抗体检测。对于细菌感染，细菌培养是重要手段，采集血液、痰液等样本培养细菌，确定菌种并做药敏试验指导用药。
- 还可进行血常规检查，细菌感染时白细胞、中性粒细胞常升高。真菌检查，皮肤、指甲等浅部真菌可直接镜检，查看有无菌丝、孢子。深部真菌感染则需通过组织活检、血清学检测真菌抗原或抗体来诊断。