衣原体阳性可能有症状，具体症状与感染部位、个体差异等因素有关。在泌尿生殖系统方面，对于男性而言，衣原体阳性可能引发尿道炎，出现尿道刺痒、灼痛，可伴轻重不同的尿频、尿急、尿痛等症状，尿道口可见少量黏液性分泌物，有时仅表现为痂膜封口或裤裆污秽。病情严重时可能会出现附睾炎，导致阴囊坠胀、疼痛等。
- 对于女性，衣原体感染宫颈时，可能出现阴道分泌物增多、呈黏液脓性，性交后出血或经间期出血等症状。若感染蔓延至尿道，可出现尿频、尿急、尿痛等尿道刺激症状。如果炎症上行感染引起盆腔炎，还会出现下腹部疼痛、坠胀，性交痛以及发热等症状，严重的盆腔炎可能导致输卵管粘连、阻塞，进而引起不孕、宫外孕等并发症。
- 在眼部，衣原体感染可引起沙眼。急性期主要表现为畏光、流泪、异物感，较多黏液或黏液脓性分泌物，可出现眼睑红肿，结膜明显充血，乳头增生，上下穹隆部结膜布满滤泡等症状。慢性期症状相对较轻，可出现结膜肥厚、乳头和滤泡增生等，病情迁延不愈可能导致角膜血管翳、睑内翻倒睫等并发症，严重影响视力。
在呼吸道，衣原体感染后，部分患者可能出现发热、咳嗽、咳痰，多为干咳，也可伴有咽痛、声音嘶哑等症状，病情严重程度不一，一般起病较隐匿，病程相对较长。但也有相当一部分人衣原体阳性时没有任何明显的自觉症状，只是在体检或因其他疾病检查时偶然发现，这类隐性感染者同样具有传染性，可能在不知不觉中传播给他人。
衣原体阳性的治疗措施
1、药物治疗：常用抗生素，如四环素类，能抑制衣原体蛋白质合成；大环内酯类也有效，尤其适用于不能耐受四环素类者；氟喹诺酮类也可用于治疗。一般需按疗程规范用药，避免自行停药。
2、性伴侣治疗：衣原体感染具有传染性，性伴侣应同时进行检查和治疗，治疗期间避免无保护性行为，防止交叉感染。
3、生活护理：治疗期间注意休息，避免劳累，保持良好的生活习惯，均衡饮食，适当运动，以增强机体免疫力，有助于病情恢复。
4、定期复查：治疗后需按医嘱定期复查衣原体，观察治疗效果，确保衣原体彻底清除，防止复发。