益生菌的正确服用时间为饭后半小时或一小时，有时候也会建议睡前服用。
1、饭后：大多数益生菌不耐胃酸，饭后半小时或一小时服用可以减少胃酸对益生菌的破坏，提高益生菌的存活率，从而发挥其最佳效果。饭后服用益生菌还有助于食物更好地吸收，改善肠道的微环境，对于消化不良或肠道菌群紊乱引起的肠胃疾病有较好的缓解效果。
2、睡前：晚上人体的消化活动相对缓慢，服用益生菌可以在肠道内停留较长时间，更有利于其定植和繁殖。所以在部分情况下，医生也会推荐患者晚上睡前服药，有利于发挥比较好的疗效。
不过益生菌是用来调节胃肠菌群的药物，不可以与抗生素同服。如果需要服用抗生素类药物，需要间隔两个小时以上再服用益生菌，以避免抗生素对益生菌的破坏。