医生会根据肠溃疡患者的身体情况，选择合适的药物，肠溃疡通常吃复方黄连素片、柳氮磺胺吡啶肠溶片、补脾益肠丸、美沙拉秦肠溶片、硫唑嘌呤片等药物。若病情持续或严重，立即就医治疗。
1、复方黄连素片：含有盐酸小檗碱，具有清热燥湿、止泻的效果，主要治疗肠道感染，对于改善肠溃疡症状有一定帮助，用药前需要咨询医生。
2、柳氮磺胺吡啶肠溶片：对轻度和中度肠溃疡具有治疗作用，还可以辅助重度肠溃疡的治疗。在肠道中分解，能达到抗炎、抗菌的双重作用，且药效持续时间长、副作用相对较少。
3、补脾益肠丸：此药适用于部分因肠胃功能虚弱导致的肠溃疡患者，不仅可以提高脾胃功能，还可以促进肠道免疫力的提高，有助于改善肠溃疡病情。
4、美沙拉秦肠溶片：可以抑制炎症反应，缓解肠溃疡症状。
5、硫唑嘌呤片：对治疗肠溃疡有显著疗效，适用于对糖皮质激素反应不佳或产生依赖的慢性持续型肠溃疡。通过抑制免疫系统的过度反应，能有效减轻肠道的炎症反应，暂时缓解症状，避免紧急手术的需求。
治疗肠溃疡的药物还有奥美拉唑肠溶胶囊、枸橼酸铋钾胶囊等，以上药物需在医生的指导下使用。在治疗期间，还应注意饮食规律，避免食用刺激性食物，如生姜、辣椒。定期复查肠镜，以便及时了解病情变化，调整治疗方案。