藿香正气胶囊和藿香正气水虽然都是中成药，用于治疗类似的病症，但其在多个方面存在明显的区别，包括药物成分、药物性状、药物规格、禁忌与注意事项等。
1、药物成分不同：藿香正气胶囊主要由广藿香、紫苏叶、白芷、白术、陈皮、法半夏、厚朴、茯苓、桔梗、甘草等中药组成。藿香正气水由苍术、陈皮、厚朴（姜制）、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油组成，并含有辅料乙醇。
2、药物性状不同：藿香正气水为深棕色的澄清液体，味辛、苦，胶囊剂。藿香正气胶囊内容物是棕色、棕褐色的粉末、颗粒，味甜、气香、微苦，所以藿香正气水和藿香正气胶囊在外观、味道等药物性状上有所区别。
3、药物规格不同：藿香正气水主要为支装，而藿香正气胶囊为胶囊剂，两者的药物量也有细微的区别。
4、禁忌与注意事项不同：对藿香正气胶囊过敏者禁用，过敏体质者慎用；而藿香正气水则不建议用于风热感冒，且不宜在服药期间同时服用滋补性中药，以免产生不良反应。藿香正气水不能与头孢类药物同服，以免引起双硫仑样反应。
在选择使用时，应根据患者的具体病情、体质及医嘱进行合理选择。同时，在使用过程中应注意观察身体反应，如有不适症状应及时就医并告知医生正在服用的药物。