阴茎太小可能是遗传因素、外伤或手术损伤、隐匿阴茎等原因引起的，若阴茎在疲软或勃起状态下，明显小于正常范围下限，且伴有生殖功能或第二性征发育异常等情况，可能被认为存在阴茎过小问题。
1、遗传因素：遗传在阴茎发育中起着关键作用，家族遗传基因可决定阴茎海绵体、白膜等组织结构的生长发育模式。若家族中存在阴茎发育不良的遗传倾向，后代遗传到相关基因，就可能出现阴茎过小情况。遗传因素导致的阴茎过小，常伴有家族聚集性，即家族中多位男性可能存在类似问题。
2、外伤或手术损伤：阴茎在发育阶段遭受严重外伤，如阴茎折断、切割伤等，损伤阴茎海绵体、白膜或神经血管，若未得到及时、正确治疗，会影响阴茎后续发育。某些盆腔、会阴部手术如疝气修补术、尿道下裂修复术等，术中若损伤阴茎相关血管、神经，也可能导致阴茎发育障碍，引起阴茎过小。
3、隐匿阴茎：隐匿阴茎是一种先天性阴茎发育异常，阴茎体发育正常，但阴茎皮肤未正常附着于阴茎体，阴茎被埋藏在皮下脂肪内，仅外露包皮。用手向后推挤阴茎周围皮肤，可显露正常阴茎体。隐匿阴茎与肥胖导致的阴茎外观短小不同，即使减肥也无法改善，需手术治疗。
青少年时期若发生严重睾丸炎或附睾炎，尤其是双侧病变，炎症可能破坏睾丸组织，影响睾丸分泌睾酮功能，导致阴茎发育迟缓，最终阴茎过小。这类患者除阴茎小外，还可能出现睾丸萎缩、质地变软等表现。
阴茎太小的注意事项
- 一旦怀疑阴茎发育异常，尽早就诊。医生会详细询问病史，包括家族遗传史、既往疾病史、发育过程等，进行全面体格检查，重点检查阴茎、睾丸、第二性征等。还会进行性激素六项、染色体核型分析、超声等检查，明确病因，制定个性化治疗方案。
- 若是内分泌异常导致，如睾酮缺乏，可在医生指导下补充睾酮，但需严格遵循剂量与疗程，定期监测性激素水平及不良反应。染色体异常目前尚无特效根治方法，但可通过激素治疗等改善部分症状。隐匿阴茎应及时手术治疗，将阴茎松解并固定于正常位置，促进阴茎发育及外观改善。