肿瘤标志物可存在于血液、细胞、组织或体液中，通过检测其水平，可在一定程度上辅助癌症的诊断、病情监测和预后评估。但在实际应用中，并不建议将肿瘤标志物作为单一的诊断或筛查手段，原因在于缺乏特异性、敏感度有限、结果受多种因素干扰、不能作为确诊依据等。
1、缺乏特异性：许多肿瘤标志物并非某一种癌症所特有。比如，癌胚抗原在多种癌症如结直肠癌、胃癌、肺癌等中都可能升高，同时，一些非癌症疾病，如肠道炎症、肺部感染等，也可能导致癌胚抗原水平上升。这意味着，仅仅检测到某一肿瘤标志物升高，并不能明确就是患上了某种特定的癌症，容易造成误诊，让受检者徒增不必要的心理负担。
2、敏感度有限：并非所有癌症患者的肿瘤标志物都会升高。部分早期癌症患者，肿瘤细胞数量较少，尚未释放出足够量的肿瘤标志物进入血液，导致检测结果可能在正常范围内。例如，早期肝癌患者中，有相当一部分人的甲胎蛋白水平并不升高，若仅依靠甲胎蛋白检测来筛查肝癌，很可能会漏诊这些早期患者，延误治疗时机。
3、结果受多种因素干扰：日常生活中的一些因素也会影响肿瘤标志物的检测结果。剧烈运动、饮酒、某些药物的使用等，都可能导致肿瘤标志物水平出现波动。此外，检测过程中的技术误差，如样本采集、运输、保存不当，以及检测仪器的精度问题等，也可能使检测结果不准确，误导临床判断。
4、不能作为确诊依据：即使肿瘤标志物显著升高，也不能仅凭此确诊癌症。确诊癌症必须依靠组织病理学检查，即通过手术、穿刺等方式获取病变组织，在显微镜下观察细胞形态、结构等特征，才能明确是否为癌症以及癌症的具体类型。肿瘤标志物的升高只是一个提示信号，不能替代组织病理学这一“金标准”。
在临床实践中，肿瘤标志物更多地是作为一种辅助手段，与其他检查方法联合使用，以提高癌症诊断的准确性。医生会综合考虑患者的症状、体征、家族病史、其他影像学及实验室检查结果等多方面因素，做出科学的诊断。
替代或补充肿瘤标志物的检查方法
- 影像学检查是癌症筛查与诊断的重要工具，X线检查能对肺部、骨骼等部位进行初步观察，发现明显的病变，如肺部的占位性病变、骨骼的骨质破坏等。
- CT检查具有更高的分辨率，可清晰显示身体各器官的细节，对于早期肿瘤的发现有很大帮助，能检测出微小的肿瘤病灶。MRI则对软组织的分辨能力强，在脑部、乳腺、肝脏等部位的肿瘤诊断中具有独特优势，能更准确地判断肿瘤的位置、大小及与周围组织的关系。
- 内镜检查在消化系统和呼吸系统癌症的诊断中起着关键作用。胃镜可直接观察食管、胃和十二指肠的内部黏膜情况，结肠镜用于检查结直肠，可发现息肉、早期癌等病变。支气管镜能深入气管和支气管，对肺癌的早期诊断意义重大。